清光绪 8 年（ 1882 ）湖南提学使朱逌然倡议建立“船山书院”（今衡阳市第一中学前身）；衡州乡坤彭玉麟、王之春、杨概、程商霖、蒋霞初等集捐，将王船山出生地衡阳城内王衙坪的“船山祠”，创办为“船山书院”；书院内仍祭祀船山神位，旨在学习、研究“船山学说”、传播“船山思想”，这是中国最早以“船山”命名的学堂。

　　清光绪10年（1884）船山书院正式招收生徒，择师主讲；聘请李杨华为首任山长，书院章程由衡阳知县张宪和奉学院令仿照广东学海堂制定，“不重科举之学，授经经史诗赋”。当时的两江总督曾国荃也“将家藏所刻《船山遗书》322卷板片捐置书院”（《彭刚直公奏稿》卷6《改建船山书院片》）。

　　清光绪11年（1885）3月15日，彭玉麟认为“船山书院”逼近城市，不适合读书，上书奏请朝廷，并独捐银12000两将“船山书院”迁建于湘江中的东洲岛，初时建筑为三进四合院的古典式建筑；

　　清光绪27年（1901），彭玉麟亲自聘请王闿运【（1832～1916）晚清著名文学家。字壬秋，又字壬父，因居住船山书院“湘绮楼”，固被后人称为“王湘绮”。湖南湘潭人。清咸丰举人。太平军起义时，曾依曾国藩于军中。后讲学于成都尊经书院，清宣统间赐翰林院检讨，加侍讲衔。辛亥革命后任清史馆馆长。治《诗》、《礼》、《春秋》，宗法《公羊》；湘学界治“船山学说”的著名代表，后来一些学者将他与王船山并称“二王”；“船山命世大儒，湘绮当今太斗，二王齐德，通人并称”。诗文模拟汉魏六朝，为晚清拟古派所推崇，有《湘军志》、《湘绮楼日记》。门人辑其诗文《湘绮楼全集》】为山长，因为王闿运嫌该书院后房狭小，彭玉麟又捐银在书院后重建楼房5间（于1902年建成），题名“湘绮楼”，作为王闿运的书斋及住房，自此王闿运在此主持书院达20余年。

　　船山书院的经费为衡阳、永州、郴州、桂阳四府州所属士坤捐集，每年田租2500余石；以及衡州团防捐余款购置田地（由丁良骏、程商霖提议），每年田租15000余石；加上每年省里拨给的补助费和书院自收款项；船山书院每年总收入，共计折谷达5000余石。

　　船山书院每年2月初旬，定期招收生徒；“该书院集衡、永、郴、桂府州所属举、贡、生、监。肄业其中”，“延聘师儒，甄别生徒，整饬院规，给发膏奖，皆应归衡州分巡道主持其事”（《彭刚直公奏稿》卷6 ，《改建船山书院片》）；即衡、永、郴、桂四府所属县经考试，择优选送，再由衡州道应试录取，方可入院就读；书院规定王船山先生后裔，每届可保举1人入院读书，免收费用；对遵守学规，成绩优异的生徒，给发膏奖（即奖学金）；书院山长及掌教人选，须推举学识、名望皆优秀的人才，由四府士绅“商请”（协商聘请对象，不准滥荐），报送巡道，再由巡道转报学政聘请；掌教不到院授课者不发薪金；

　　船山书院因祭祀王船山而建立，所以书院以王船山为先师，以船山思想陶冶学生，以“讲明夫之之学”为办学宗旨，不课八股，以实学造士；在教学中，始终至力于弘扬王船山思想。

　　船山书院还借助其经济实力翻刻增补《船山遗书》【光绪13年（1887）对曾国荃赠送的《船山遗书》板片进行修补，增刻使其达65种，328卷；光绪19年（1893年）又重刊《船山遗书》64种】及其他著作10余种；如《湘绮楼全集》、《周易说》、《尚书笺》、《周官经》、《尔雅集解》、王之春的《国朝柔运记》、《何东洲集》、《旷庵文集》卷6等，为研究和传播船山学说起了很重要的积极作用。

　　历任山长清泉李杨华、武岗邓辅纶、湘潭王闿运、秀山江淑、掌教杨柏寿、夏彝恂等都是当时的学术大师、教授名流......。

　　院内有一千年古樟，由于其型状如人的手掌，故名为“五指樟”。